Майкл Скофилд добровольно отправляется в тюрьму Фокс-Ривер с единственной целью. Он должен вызволить своего брата Линкольна Берроуза, которого несправедливо приговорили за убийство брата вице-президента. На пути к побегу героя поджидают серьезные препятствия. Это и жесткий надзиратель Брэд Беллик, который постоянно держит Майкла под колпаком, и необходимость найти общий язык с сокамерником Фернандо Сукре.
Чтобы выжить и реализовать задуманное, Майкл выстраивает хрупкие союзы. Он раскрывает карты перед Джоном Абруцци, лидером тюремного картеля, предлагая информацию о нужном свидетеле. Также он заручается поддержкой Чарльза Уэстморленда, известного как Д. Б. Купер, мудрого ветерана преступного мира. Под видом лечения диабета герой знакомится с доктором Сарой Танкреди, которая становится его стратегическим преимуществом. А начальник тюрьмы Генри Поуп, восхищенный талантом Скофилда, поручает ему строить модель Тадж-Махала, даже не догадываясь, что это лишь прикрытие для дерзкого плана.
Тем временем на воле разворачивается своя драма. Сын Линкольна Эл Джей попадает в опасную переделку, приоткрывая завесу над масштабным заговором с участием агентов и политиков. Адвокат Вероника Донован начинает борьбу за справедливость, сомневаясь в обвинительном приговоре. Но главный козырь Майкла всегда при нем. На его теле скрыты чертежи и инструкции, а ключ к свободе запрятан прямо в татуировках.
