Команда выясняет, что Селф намерен продать Сциллу и исчезнуть навсегда. Беглецы объединяются с Гретхен, чтобы поймать предателя, но ситуация быстро усложняется. Селф заключает союз с Бэгвеллом и берёт в заложницы Риту и Эмили. Под давлением Гретхен вынуждена сдать команду агентам DHS, и на героев обрушивается внезапный удар. Линкольн Берроуз оказывается в плену. Однако даже в неволе его хитрость помогает убедить Стэнтона и Дэллоу в правдивости их истории. Те предлагают сделку: показания в обмен на свободу.
Майкл Скофилд решает довериться интуиции. Он поручает Махоуни вывести Сару и Сукре из города, а сам отправляется на склад, чтобы поддержать Линкольна в решающий момент. Но не всё идёт гладко. Стэнтон и Дэллоу планируют убрать братьев, чтобы скрыть разоблачение. Неожиданно вмешивается крот, который уничтожает всех агентов. Спасение приходит в лице Сукре, успевшего вовремя.
Пока герои освобождаются от угрозы, Кранц хладнокровно расправляется со Скудери за его неуважение. Селф и Гретхен продолжают поиски недостающего куска Сциллы. Разозлённый потерей добычи, Селф звонит Скофилду с угрозами, но Майкл остаётся непреклонным. Игра продолжается, и ставки только растут.
