Майкл Скофилд заходит всё глубже в опасную игру. Он ищет флаконы с нитроглицерином, которые припрятал ещё до ареста. ФБР уже подготовило ловушку, и Майкл едва уносит ноги. Понимая, что агент Махоуни уничтожает всех, до кого добирается, Скофилд решает разрушить его планы изнутри. Он расследует прошлое Махоуни, виртуозно притворяясь агентом, и расспрашивает его бывшую жену Пэм. Так Майкл узнаёт об исчезновении серийного убийцы Оскара Шейлза. Собрав улики, Скофилд делает вывод: Махоуни сам расправился с преступником и закопал его на собственном дворе.
Пытаясь заключить сделку, Майкл обещает хранить тайну, если Махоуни оставит его и Линкольна в покое. Но агент не соглашается. Тем временем Франклин воссоединяется с семьёй после успешного освобождения Кейси из лап ФБР. Бэгвелл сталкивается с предательством. Он обнаруживает, что Холландер сбежала, оставив дом на продажу. Беллик и Гири похищают Бэгвелла, требуя от него деньги.
Келлерман узнаёт о перемещении Сары Танкреди. Она направляется в Нью-Мексико. Линкольн и Эл Джей продолжают скрываться, ежесекундно рискуя быть пойманными. Каждый из беглецов балансирует на грани, и любая ошибка может стоить свободы или жизни.
